在生物質一代燃料走出“與民爭糧，與糧爭地”的困境之后，全世界范圍內的第二代生物質燃料技術研發及產業化發展漸入佳境。國內對于二代生物燃料利用的途徑也向多元化方向發展。
　　第二代生物燃料技術是指以麥稈、稻草和木屑等農林廢棄物或藻類、紙漿廢液為主要原料，使用纖維素酶或其他發酵手段將其轉化為生物乙醇或生物柴油的模式。而第一代燃料的生產主要來自于玉米、水稻、甘蔗、大豆等糧食作物。

事實上，由于諸多因素限制，利用傳統糧糖油原料發展生物燃料的潛力在我國非常有限。業內專家一致指出，利用非糧原料將是我國發展生物燃料的根本方向。　
　　據了解，目前，我國利用薯類、甜高粱、小桐子等非糧作物/植物生產燃料乙醇和生物柴油的技術已進入示范階段。國家發改委能源研究所近期完成的“中國可再生能源規模化發展研究”報告顯示，我國以非食用糧糖類農作物為原料的燃料乙醇生產潛力近中期約為1500萬噸，以廢油為原料的生物柴油生產潛力近中期約為200萬噸，以油料林為原料的生物柴油生產潛力在中長期約為數百萬噸，以纖維素和藻類生物質為原料的先進生物燃料生產潛力在長期可達每年數千萬噸。
　　業內專家分析認為，顯然，《規劃》提出的生物燃料利用量目標，正是基于上述研究中對于近中期國內生物燃料的生產潛力而定，因此具有實際行業引導價值，這將堅定企業投資該領域的信心。　
　　原料供應仍是瓶頸　
　　上述發改委能源研究所研究報告指出，未來，我國生物燃料產業發展面臨的最大挑戰是原料資源基礎仍然薄弱。國家能源局新能源與可再生能源司副司長史立山也表示，“十一五”以來，全國建設的一批生物質發電廠面臨的共同問題是，生物質資源收集難度大，導致一些缺乏合理布局的地區生物質電廠存在嚴重的原料供應短缺問題。　
　　據中國證券報記者了解，近兩年來，國內投身生物質發電的企業越來越多，甚至出現在100公里范圍內同時有5個同類電廠在建。但由于生物質發電的原料非風能和太陽能那樣可天然獲取，導致一定范圍內原本只夠一家企業消耗的原料最終被多家分割。　
　　業內專家指出，原料投入一般占生物質發電項目總投入成本的70％以上，但國內生物質原料市場近幾年卻成長緩慢。可以參考的一組數據是，“十一五”規劃提出的“到2010年生物質固體成型燃料年利用量達到100萬噸，非糧原料燃料乙醇年利用量200萬噸”的目標，截至2010年底均未達標，生物質固體成型燃料年利用量僅為50萬噸左右，非糧原料燃料乙醇年利用量則只有20萬噸。　
　　相關企業要根據非糧生物燃料產業的農林業屬性、多樣性和地域性等特點，把產業鏈重心向能源植物種植和原料生產傾斜，建立“分散加工轉換+集中精煉調配”的經營模式，充分調動發揮當地農民和政府的積極性。