建設過程中不間斷爆發的移民問題造成眾多小水電的“爛尾工程”。由于電價一直穩定，水電建設成本的提高會大大加劇民營企業資金負擔，尤以湖南、湖北最為突出。一旦出現移民糾紛，既無錢又無關系的民企普遍缺少妥善解決路徑。
“其實企業愿意和老百姓直接對話，也愿意按標準上限支付。”參與移民工程的負責人說。但根據國家相關政策，移民只能由地方政府負責搬遷和安置，小水電移民征地補償標準亦由地方政府制定執行，企業除支付移民費用，不得直接參與移民談判。
這一規定為地方政府假手水電謀取其他利益訴求創造了騰挪空間。
地方政府想從移民中獲取收益的心態比較普遍，很多水電開發中出現的移民問題并不是由投資方引起，而是因為地方政府多方索求。
在湖南省，一個水電項目牽涉到的具體淹沒土地面積，需要地方政府作為第三方參與丈量。有的庫區內每畝地平均可獲補償10萬元。當地農民每畝土地平均年收益不足2000元，對庫區農民而言，一次性獲得50年的土地收益補償具有相當的吸引力。
對于投資企業而言，也愿意按章辦事，以保證工程建設如期推進。可在支付移民款項時，地方政府往往要求投資方將移民款項先撥至政府賬戶，再由政府撥給移民。而諸多移民問題也多在此刻發生。
如果一個移民按標準可獲30萬元補償，但最后從地方政府那里獲得的常常只有18萬到20萬元。地方政府給出的理由是，為做各項統籌安排和后期規劃，需按比例扣除款項或延時分批發放。
這樣一來，移民就會找投資方鬧事，投資方再找地方政府協商，地方政府或向投資方提出更多訴求。若三方的利益沖突長期無法得到妥善化解，最后極有可能以群體性事件的方式猛烈爆發。
如果地方政府只在移民工作時承擔行政部門職能內的責任，移民工作一般會比較順利。倘若地方政府想從中分得一杯羹，移民問題就會變得特別復雜和麻煩。
多名水電開發業內人士均表示，移民維權意識和利益訴求都在不斷增長，但政府的移民和安置政策普遍按照上世紀標準執行，補償偏弱偏低，國外移民費用一般占工程總投資的60%到70%，國內現在一般僅為20%左右。
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