為進一步改善水質，中國開展實施了一項自1949年建國以來投資最大的水污染治理科技項目。 這項投資總預算超過300億（約44億美元）的項目將歷時12年，其主要目的是為了改善中國不斷惡化的水質。在中國，水質問題已經使上百萬人的生活和生存受到影響。 該項目總工程師、中國環境科學院院長孟偉介紹，與傳統采用的末端治理不同，水體污染控制與治理重大科技專項（簡稱為“水專項”）將重點集中在各流域水環境的綜合治理上。 以嚴重污染的中國第三大淡水湖太湖為例，通過對太湖的綜合治理，將不僅使上海受益，同時它還將惠及東部的江蘇和浙江兩省。 孟偉表示，水專項是由環境保護部和住房和城鄉建設部牽頭組織實施，其主要目的是為了保障飲用水安全和改善中國的整體水環境。 飲用水安全問題一直是中國關注的重點。科技部副部長劉燕華在“水專項”實施啟動會上介紹，中國流經城市的河段64%為只適合工業和農業用的四類或劣五類水，50%的城市地下水不同程度地遭到污染。 2007年夏天，由于太湖藍藻暴發，江蘇無錫有超過百萬的城市居民在兩天內無法獲得飲用水。 2009年由于干旱，中國北方超過12個省的農田受旱，全國作物受旱面積最高峰達到近1.61億畝。 此外，項目還將在海河、淮河、遼河、松花江、太湖和三峽庫區等重點流域開展治理示范工程。 然而，中科院南京地理與湖泊研究所研究員秦伯強表示，政府應該加強污染源的控制而不是在污染的治理上。 他告訴科學與發展網絡說：“我們不能以犧牲環境為代價來發展經濟。” 水專項是中國國家中長期科學和技術發展規劃綱要（2006—2020年）的16個重大科技專項之一。綱要制定了中國今后15年科技工作的指導方針。