缺乏綜合性管理與維護人才。廢水處理一體化設備的管理與維護涉及到了機械、電氣、自動化控制以及計算機等多方面的專業技術知識，以目前現階段污水處理廠的人員狀況來看，具備管理的專業技術與知識的人才及其缺乏，使得很多污水處理設備投入使用之后并不能良好的進行管理與維護工作，以至于設備出現故障時無法進行自主維修，甚至不能正確判斷和分析故障出現的原因，而仍然要依靠設備廠商委派專業人員進行維修，這樣就大大增加了維修成本，降低了維修管理的效率，不利于污水處理工作的順利開展。
　　廢水處理一體化設備管理的體制落后。目前大多數污水處理廠的設備管理體制落后，廠里的領導只是重視污水處理工程的進展情況，忽視了污水企業的正常運行與管理，更不重視污水處理設備的管理與維護工作，未能配備具備相關專業知識的技術人才，造成了污水處理設備管理與維修人才的缺失，無法保證設備能夠進行日常維護和保養，不能夠保障污水處理廠的長期穩定運作。
　　對廢水處理一體化設備管理工作不重視。大多數污水處理企業對于設備管理工作都不夠重視，主要表現在一方面沒有建立設備管理專業機構和日常管理與維護的運行機制，設備管理與維護工作不能夠依照制度良好開展。另一方面，沒有配備和引進專業的設備管理技術人才，不能夠滿足設備日常管理與維護工作的需要，企業內部的設備管理與維護人員普遍缺乏專業的技術知識，沒有掌握相關的設備維修技術和經驗，長期缺乏專業知識的培養和培訓，使得污水處理企業的設備管理與維護工作不能夠良好開展，影響了污水處理企業的正常運行。
　　廢水處理一體化設備缺乏必要的設備管理維護規程和備件。嚴格執行設備的日常和定期維護、設備檢修、設備計劃修理工作規程，不僅是污水處理廠的例行性計劃工作，也是保證設備正常運行的較好方法，不但能對設備運行情況進行密切跟蹤和及時發現故障問題，也能將設備故障隱患消滅在萌芽狀態。但大部分的污水處理廠都沒有開展過此類工作，只是在上級部門檢查與督促后才勉強設立了簡單的設備臺賬，而設備維護與檢修計劃編制、備件的合理儲備與管理等相關制度仍然沒有建立與實施，維修人員總是處在設備壞了就頻繁搶修，而平時又無事可做的狀況。此外，為了確保污水處理廠生產正常運行，縮短設備修理時間，對關鍵零部件和易損備件進行適當儲備是非常必要的，多數污水處理廠的備件儲備做得較差，廢水處理一體化設備經常出現當需要備件時要么沒有、要么積壓過多，造成浪費的現象比較嚴重。