在許多場合，因為步進電機的電流電壓較高，比如有的步進電機最大輸出電流8A，電壓325V，再加上其外殼未采用鋁合金外殼進行磁屏蔽，因此對高靈敏的接收機系統造成干擾，使其無法工作，并且干擾電源，尤其在高頻時，可能造成控制系統的單片機和上位機無法進行正常通訊，嚴重者造成單片機死機，給正常使用造成了困難，因此干擾問題必須加以解決。
　　1、加裝電源濾波器，減少對交流電源的污染。
　　2、“一點接地”原則。將電源濾波器的地、驅動器PE（地）（驅動器與機箱底板絕緣）、控制脈沖PULSE-和方向脈沖DIR-短接后的引出線、電機接地線、驅動器與電機之間電纜防護套、驅動器屏蔽線均接到機箱壁上的接地柱上，并要求接觸良好。
　　3、盡量加大控制線與電源線（L、N）、電機驅動線（U、V、W）之間的距離， 避免交叉.比如我們在處理雙軸驅動系統中兩個處在同一機箱的驅動器安裝位置時,一個驅動器銘牌朝前，另一個則朝后，并在結構布置上使這些引線盡量短。
　　4、使用屏蔽線減輕外界對自己的干擾，或自己（電源線）對外界的干擾.